Nach Genehmigung der überarbeiteten Baupläne schien einem unmittelbar bevorstehenden Baustart nichts mehr Wege zu stehen. Doch die Frage der Beitragsleistung seitens der Gemeinde Wien führte abermals eine Verzögerung herbei. Diese schloss die finanzielle Beteiligung mit 50.000 Gulden (rund 660.000 Euro) mit der Begründung, dass der sogenannte „Hand- und Zugrobot“ dem Gesetz nach nur dann geleistet werden müsse, wenn die Kosten nicht anderswertig aufgebracht werden können, kategorisch aus. Der Breitenfelder Kirchenbau-Fonds war durch die Sammlungstätigkeiten von über 50 Jahren mittlerweile so hoch dotiert, dass er die gesamten Baukosten problemlos decken konnte. Was folgte war ein jahrelanger Rechtsstreit, in dem die Statthalterei und das Ministerium zwar zu Gunsten des Fonds entschieden, aber der Verwaltungsgerichtshof schließlich zu Gunsten der Gemeinde erkannte: „Die Kommune Wien habe die Hand- und Zugarbeit (im anerkannten Betrage per 50.000 Gulden, ab 12.600 Gulden als der ihr zufolge Vereinsbeschlusses vom 4. August 1848 gutzurechnende Betrag, somit im Restbetrage von 37.400 Gulden) so weit nicht zu tragen, als diese 12.600 Gulden samt Fruktifikation seit 1848 bis 1887 (gleich 83.000 Gulden) zur Deckung der Hand- und Zugarbeit der römisch-katholischen Pfarrgemeinde auf dem Breitenfelde in Wien per 50.000 Gulden (…) ausreichen.“ Die Gemeinde Wien gewann schließlich den Prozess, indem sie auf die Verzinsung des im Jahr 1848 bei der Auflösung des ersten Kirchenbauvereins an das Ministerium überwiesenen Betrages hinwies, welcher die nun geforderte Beitragsleistung bei Weitem übertraf.
Selbst nach Klärung aller finanziellen Fragen war an einen baldigen Baubeginn wieder nicht zu denken. Nun machte die politische Absicht die Vororte Wiens „einzugemeinden“ einen Strich durch die Rechnung. Damit haben sich die Voraussetzungen für die Kirchenplanungen grundlegend verändert, die im Jahr 1885 noch von einem Pfarrgebiet in den Grenzen des Bezirksteils Breitenfeld mit insgesamt 9527 Seelen ausging. Dieses sollte sich nach dem Willen der Kirchen- und Gemeindevertreter auch aus Gebieten der ehemaligen Vororte Ottakrings, Hernals und Währings zusammensetzen. Damit wollten sie ein klares Zeichen setzen und die Pfarre Breitenfeld eine Voreiterrolle bei der Einbindung der neuen Stadtgebiete einnehmen – sehr zum Missfallen des Josefstädter Bezirksausschusses, der seinen damaligen Vorschlag, die Kirche ganz am Rand des Bezirkes an der gerade im Bau befindlichen Gürtelstraße zu errichten, inzwischen wohl bereute.
Das Fass zum Überlaufen brachten letztendlich aber die Bauplanungen für die Errichtung der Stadtbahn, die in unmittelbarer Nähe an der Kirche in Hochlage verlaufen sollte. Aus diesem Anlass richtete der Bezirksausschuss Josefstadt an den Statthalter eine Petition, die neu zu erbauende Kirche, anders als bereits vom Kaiser genehmigt, mit der Hauptfront zur Florianigasse zu stellen, da sonst „die architektonische Schönheit der Kirche nicht zur Geltung gelangen könnte“. Nachdem der Ausschuss in diesem Schreiben behauptete, der Fonds wurde nur von der Bewohnerschaft des achten Bezirkes gesammelt, bildete sich in Hernals und Ottakring ein Komitee, welches daraufhin ebenfalls eine Petition der Statthalterei überreichte. In dieser baten sie um Rücksichtnahme auf die Bevölkerungsverhältnisse, da sie „nun keine Vororte, sondern Bezirke Wiens sind“, „zumal dem Bezirk Josefstadt (48.000 Einwohner) fünf Kirchen zu Gebote stehen, während die Bezirke XVI. und XVII. bei einer Einwohnerzahl von 180.000 Seelen gleichfalls nur fünf Kirchen frequentieren können. Zum Schlusse wird noch betont, dass die Pläne die allerhöchste Sanktion bereits erhielten und dass auch die Baukomitees sich aus architektonischen und praktischen Gründen für die Fassade gegen den Hernalser Gürtel zu erklärt haben.“
Nachdem die geografische Kirchenausrichtung bereits unveränderbar schien, forderte der Josefstädter Bezirksausschuss nun eine Planänderung der Stadtbahn und erhielt dafür Unterstützung von prominenter Seite. So bezeichnete der spätere Wiener Bürgermeister Karl Lueger die sogenannte Gürtelbahnlinie als „ein Monstrum an Hässlichkeit. Vor der Breitenfelder Kirche werden Lokomotiven vorüberfahren, damit die Passagiere eine schöne Aussicht haben. Für diese Verunstaltungen werden unsere Enkel die jetzige Generation verfluchen.“ Er verlangte daher eine Tieflageführung der Stadtbahn. Damit sorgte er für hitzige Debatten im Gemeinderat, welcher sich zudem mit der Frage auseinander setzen musste, ob die Einberufung einer Wählerversammlung zu dem selben Thema durch den Josefstädter Bezirksausschuss überhaupt legitim war. Der Gemeinderat reagierte prompt und stellte fest, dass diese Einberufung nach § 85 des Wiener Gemeindestatutes verfassungswidrig und mit der „Sistierung dieses Beschlusses vorzugehen“ war.
Zwar bemerkte der Eisenbahnminister Guttenberg, dass „die Tiefbahn in ästhetischer Beziehung der Hochbahn vorzuziehen wäre, doch mit Rücksicht auf die vorgeschrittene Arbeit könne man heute nicht mehr zurück, ohne den Bau der Gürtellinie zu verzögern. Dem Ansuchen der Gemeinde Breitenfeld, den Bau der Kirche nicht durch kontinuierliche Bögen zu verunstalten, wurde Rechnung getragen.“ Die Tramway Gesellschaft lenkte nämlich insofern ein, dass gegenüber der Kirchenfassade anstatt der ursprünglich projektierten einen Durchfahrt drei in Eisenkonstruktion auszuführende Durchfahrten, welche übrigens auch „mit der Architektonik der Kirche im Einklange stehen sollten“, herzustellen versprach. Das konnte die Bedenken der Hochbahngegner zwar nicht vollständig ausräumen, war aber schließlich ein guter Kompromiss für alle Parteien. Heutzutage wirkt weniger die U6-Linie als vielmehr die stark befahrene Gürtelstraße als Störfaktor für den Standort.