Im Zuge einer Neueinteilung der 
Verwaltungsbezirke Wiens kam die Gemeinde Breitenfeld mit ihren 96 Häusern und 4875 Einwohnern im Jahre 1860 zur Josefstadt. Damit gelangte das langgeplante Kirchenbauvorhaben auf dem Breitenfeld auf die Bezirksagenda und verhalf dem Projekt zu neuem Schwung. So fasste der Josefstädter Bezirksausschuss am 17. Dezember 1863 den Beschluss, die Gemeinde Wien wolle die Ausführung dieses Kirchenbaues urgieren, indem er gleichzeitig statt des Bennoplatzes den am Ausgange der Laudongasse gegen den Gürtel zugelegenen Teil des Militär-Heumagazins als den geeignetsten Kirchenbaupatz bezeichnete. Durch diesen Beisatz wurde die Frage der Beschaffung eines anderen als des ursprünglich bestimmten Kirchenplatzes in Fluss gebracht. Dass der Bennoplatz ungeeignet sei, als Kirchenbauplatz benützt zu werden, hatte man wohl mit Recht erkannt, da derselbe – ursprünglich bloß für eine Gedächtniskirche bestimmt – für eine große Pfarrkirche in der Tat viel zu klein war.
So naheliegend es nun aber auch war, mangels anderer unverbauter Flächen, auf das große Areal des Militär-Verpflegungsmagazins hinzuweisen, so langwierig und schwierig gestalteten sich die Verhandlungen mit der Militärverwaltung. Denn obwohl es Kardinal Rauscher bereits Anfang 1865 schon gelungen war, die prinzipielle Zustimmung des Kaisers für einen Grundtausch zwischen Militär und Gemeinde zu erwirken, sollte es fast weitere 20 Jahre dauern, bis eine beiderseitig zufriedenstellende Lösung gefunden werden konnte. Stein des Anstoßes waren nämlich die horrenden Kosten des Abrisses und Neuaufbaus der Militärgebäude, welche die Gemeinde Wien verständlicherweise nicht alleine tragen wollte. So wurden wieder einmal Alternativen gesucht. Der Vorschlag die Kirche nach Plänen Friedrich von Schmidts doch am Bennoplatz zu errichten scheiterte am Widerstand des Gemeinderates.
Aber auch die Medien hielten nicht viel von dieser Idee, wie ein Artikel aus der Neuen Freien Presse vom 04. März 1865 zeigt:
Zum Kirchenbau in Breitenfeld
Die Breitenfelder Kirche soll nun endlich gebaut werden. Dieselbe soll gewissermaßen ein Denkmal für Kaiser Franz darstellen und wird zweifelsohne dem heiligen Franciscus Seraphicus dediziert werden. Nachdem die Frage dieses Kirchenbaues bereits seit Dezennien herumgeschleppt wird, hat nunmehr der Gemeinderat die Lösung derselben in Angriff genommen und es scheint wirklich Ernst damit zu werden.
Aber in welchem Stile soll die Breitenfelder Kirche gebaut werden? Ja, da liegt´s. Gotisch oder nicht? Das ist die Frage. Für sehr Viele freilich, welche den allein kirchlichen Charakter der Gotik anerkennen, ist es gar keine Frage mehr, dass die Kirche gotisch werden muss. Sogar Architekt Hansen hat es bei seinen Plänen für die Breitenfelder Kirche nicht unterlassen können, unter die Gotiker zu gehen. Es war ein amüsanter Abend, als Hansen neulich in der „Wiener Bauhütte“ dieses Projekt erläuterte und in Folge seiner Einladung, dasselbe einer Beurteilung zu unterziehen, zwischen ihm und unserem Gotiker par excellence, Dombaumeister Schmidt, ein Duell mit Spitzbogen sich entwickelte. Wer von Beiden wohl die Breitenfelder Kirche bauen wird? Möglicherweise keiner von Beiden. Von Hansen können wir uns einen gotischen Bau nicht recht denken, seine Stärke liegt nicht nach dieser Stilrichtung hin. Dass ein Künstler von solcher Bedeutung sogar den Kölner Dom nicht kennt, wie Hansen neulich selbst gestanden, ist doch kein bloßer Zufall. Wir sehen daher wohl die gotischen Pläne, – allein uns fehlt der Glaube.
Dem Dombaumeister Schmidt anderseits ist es so vielfach Gelegenheit geboten, sein reiches Talent zu entfalten, dass es ihm selbst erwünscht sein wird, den Breitenfelder Kirchenbau einem Architekten aus seiner tüchtigen Schule oder einem andern Künstler, der einem gotischen Bau gewachsen sein möchte etwa Ferstel, Essenwein oder Petschnig in die Hand gegeben zu sehen. Wir setzen hier noch immer voraus, dass allein kirchliche Gotik auch der Baustil für Breitenfeld sein werde. Vielleicht lässt man es indessen doch genug sein mit der Votivkirche, der Lazzaristenkirche jener in Fünfhaus, unter den Weißgärbern und beim Belvedere, welche insgesamt gotisch sind oder sein werden und gönnt auch noch einem anderen Baustile Gelegenheit in Wien Blüten zu treiben.
Die Frage, welchem Architekten der Bau der Kirche in Breitenfeld anvertraut werden sollte, wird seinerzeit im Gemeinderate zur Sprache kommen. Unterdessen sei es den Planbeladenen jeder Kunstrichtung gestattet, den hochwürdigen Herrn Pfarrer und die hochachtbare Bezirksvertretung von Breitenfeld fleißig heimzusuchen und für ihre Ideen gewinnen zu wollen. Gentlemen von der Wipplingerstraße, „geben Sie Gedankenfreiheit!“
Zu Beginn des Jahres 1874 trat die Gemeinde Ottakring an die Regierung mit der Bitte heran, ihr den Breitenfelder Kirchenbaufonds zur Erbauung einer dringend nötigen Kirche zu überlassen, was das Ministerium jedoch ablehnte. In all den Wirren um den Kirchenbau in Breitenfeld wäre die Franciscus-Seraphicus-Kirche ironischerweise also fast in Neuottakring errichtet worden.
Im Jahre 1879, zu welcher Zeit der Fonds bereits eine Höhe von mehr als 300.000 Gulden (3,7 Mio Euro) erreicht hatte, wurde der Kirchenbau abermals Gegenstand der öffentlichen Diskussion. Nun schien jedoch der ideale Standort gefunden worden zu sein: Am Platz am Ende der Florianigasse zur Gürtelstraße, welcher teils im Eigentum des Wiener Bürgerspitals und teils des Finanz- und Militärärars war und etwa 100.000 Gulden kostete, sollte nun die Kirche beherbergen. Am Schwierigsten gestalteten sich auch diesmal die Transaktionen mit der Militärverwaltung, obwohl nunmehr bloß ein kleines und nie zu Magazinzwecken verwendetes Grundstück des Militär-Verpflegungsmagazins erworben werden musste.
Doch schlussendlich wurde eine Einigung über die Abtretung im Tauschwege gegen andere erzielt. Mit dem Reichsgesetz vom 27. April 1885 wurde das Kriegsministerium zum Vertragsabschluss ermächtigt und in den letzten Tagen desselben Jahres folgte der Eintrag ins Grundbuch.